Ljudski mikrobiom

Ljudski mikrobiom je skup svih mikrobiota koji se nalaze na ili unutar ljudskih tkiva i biofluida, zajedno s odgovarajućim anatomskim mjestima u kojima se nalaze,^[1] uključujući kožu, mliječne žlijezde, sjemenu tekućinu, maternicu, jajničke folikule, pluća, pljuvačku, oralnu sluznicu, konjuktivu, bilijarni trakt i ljudski gastrointestinalni trakt. Tipovi ljudske mikrobiote uključuju bakterije, archaea, gljive, protiste i viruse. Iako mikroživotinje mogu živjeti i na ljudskom tijelu, one su obično isključene iz ove definicije. U kontekstu genomike, termin ljudski mikrobiom se ponekad koristi za označavanje kolektiva genoma rezidentnih mikroorganizama;^[2] međutim, termin ljudski metagenom ima isto značenje.^[1]

Ljudi su kolonizirani mnogim mikroorganizmima, sa približno istim redom veličine neljudskih ćelija kao i ljudske ćelije.^[3] Neki mikroorganizmi koji koloniziraju ljude su komensali, što znači da koegzistiraju bez štete po ljude; drugi imaju mutualistički odnos sa svojim ljudskim domaćinima^[2]:700[4] Suprotno tome, neki nepatogeni mikroorganizmi mogu oštetiti ljudske domaćine putem metabolita koje proizvode, poput trimetilamina, koji ljudsko tijelo pretvara u trimetilamin N-oksid, putem FMO3-posredovane oksidacije.^[5][6] Određeni mikroorganizmi obavljaju zadatke za koje se zna da su korisni ljudskom domaćinu, ali uloga većine njih nije dobro shvaćena. Oni za koje se očekuje da budu prisutni i koji u normalnim okolnostima ne uzrokuju bolest, ponekad se smatraju "normalnom florom" ili "normalnom mikrobiotom".^[2]

Projekt ljudsog mikrobioma (HMP) je preuzeo projekt sekvenciranja genoma ljudske mikrobiote, fokusirajući se posebno na mikrobiotu koja normalno nastanjuje kožu, usta, nos, probavni trakt i vaginu.^[2] Dostigla je prekretnicu 2012. godine kada je objavila svoje početne rezultate.^[7]

1. ^ ^{a b} Marchesi JR, Ravel J (2015). "The vocabulary of microbiome research: a proposal". Microbiome. 3: 31. doi:10.1186/s40168-015-0094-5. PMC 4520061. PMID 26229597.
   Microbiome
   This term refers to the entire habitat, including the microorganisms (bacteria, archaea, lower and higher eurkaryotes, and viruses), their genomes (i.e., genes), and the surrounding environmental conditions. This definition is based on that of "biome," the biotic and abiotic factors of given environments. Others in the field limit the definition of microbiome to the collection of genes and genomes of members of a microbiota. It is argued that this is the definition of metagenome, which combined with the environment constitutes the microbiome.
2. ^ ^{a b c d} Sherwood L, Willey J, Woolverton C (2013). Prescott's Microbiology (9th izd.). New York: McGraw Hill. str. 713–721. ISBN 9780073402406. OCLC 886600661.
3. ^ Sender R, Fuchs S, Milo R (januar 2016). "Are We Really Vastly Outnumbered? Revisiting the Ratio of Bacterial to Host Cells in Humans". Cell. 164 (3): 337–40. doi:10.1016/j.cell.2016.01.013. PMID 26824647.
4. ^ Quigley EM (septembar 2013). "Gut bacteria in health and disease". Gastroenterology & Hepatology. 9 (9): 560–9. PMC 3983973. PMID 24729765.
5. ^ Falony G, Vieira-Silva S, Raes J (2015). "Microbiology Meets Big Data: The Case of Gut Microbiota-Derived Trimethylamine". Annual Review of Microbiology. 69: 305–21. doi:10.1146/annurev-micro-091014-104422. PMID 26274026. we review literature on trimethylamine (TMA), a microbiota-generated metabolite linked to atherosclerosis development.
6. ^ Gaci N, Borrel G, Tottey W, O'Toole PW, Brugère JF (novembar 2014). "Archaea and the human gut: new beginning of an old story". World Journal of Gastroenterology. 20 (43): 16062–78. doi:10.3748/wjg.v20.i43.16062. PMC 4239492. PMID 25473158. Trimethylamine is exclusively a microbiota-derived product of nutrients (lecithin, choline, TMAO, L-carnitine) from normal diet, from which seems originate two diseases, trimethylaminuria (or Fish-Odor Syndrome) and cardiovascular disease through the proatherogenic property of its oxidized liver-derived form.
7. ^ "NIH Human Microbiome Project defines normal bacterial makeup of the body". NIH News. 13. 6. 2012.